Ich kenne eine ähnliche Situation aus MV, da gabs einen ähnlichen Fall 2009/10, weil auch die Bezirke aufgelöst wurden. Da waren es 158 Mannschaften.

- zum Glück wurde jetzt der Pokalwettbewerb reformiert ...
Ich hab nach Variante 2 gehandelt, weil mir die am Sinnvollsten erschien.
Variante 3 hab ich ausgeschlossen, weil es für einen DB-Nutzer, der keine Ahnung von dem Wettbewerb hat, nicht logisch ist das eine Mannschaft am 1. Spieltag spielt und dann erst wieder am 4.Spieltag.
Variante 1 ist auch möglich, wenn man die Auscheidungsrunden als Qualifikation sieht.
Was allerdings vielleicht gegen Variante 2 spricht:
Wenn man 64 Spiele an einem Spieltag eingetragen hat, sind die Ladezeiten bei mir um von einem anderen Spieltag auf diesen 64 Spiele Spieltag zu wechseln schon etwas höher (bei mir etwa 3s-5s statt weniger als 1s) und beim Speichern eines eingegebenen Ergebnisses bei dem Spieltag dauert auch etwas länger, als bei einem normalen Spieltag. (das liegt aber wohl an meinem PC ...)
Ich würde die Variante empfehlen, die auch bei fussball.de genutzt wird.